MARCO EFFEKTEN bygger på Jussi Adler-Olsens femte roman i krimiserien om Carl Mørck. I filmen bliver en mindreårig udenlandsk dreng pågrebet af politiet ved grænsen med et dansk pas på sig. Det viser sig, at passet tilhører en dansk mand, som er mistænkt for pædofili og efterlyst af politiet. Sagen havner hos Afdeling Q på Carl Mørcks skrivebord, hvor det, som i starten synes at være en kæde af tilfældigheder, eksploderer i en skæbnesvanger menneskejagt, og snart trækker det tråde til den mest beskidte del af Københavns underverden og til Slotsholmens bonede gulve i et intrigant spil om korruption og misbrug af dansk ulandsbistand.